Crédit image : ECDC

Par Fred Lebreton

Shigella : l'Europe face à la montée d'une bactérie sexuellement transmissible devenue résistante aux antibiotiques

Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) tire la sonnette d’alarme. Depuis 2023, plus de 2 300 infections liées à des souches multirésistantes de Shigella ont été signalées en Europe et aux États-Unis. Longtemps associée à des contaminations alimentaires, cette infection intestinale se transmet désormais de plus en plus lors de rapports sexuels, notamment entre hommes ayant des relations sexuelles avec des hommes (HSH). Alors que les traitements deviennent moins efficaces face à certaines souches, les autorités sanitaires appellent à renforcer la vigilance à l’approche de la saison des voyages, des festivals et des Marches des fiertés.

L’ECDC alerte sur la progression de souches de plus en plus résistantes

L’alerte lancée par l’ECDC (Centre européen de prévention et de contrôle des maladies) le 20 mai dernier est sans ambiguïté. L’agence européenne met en garde contre « la propagation croissante des infections à Shigella multirésistante et extrêmement résistante à travers l’Europe », un phénomène observé particulièrement chez les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH). Depuis 2023, plus de 2 300 infections liées à sept groupes distincts de Shigella ont été recensées dans plusieurs pays européens ainsi qu’aux États-Unis. Selon l’agence, ces chaînes de transmission concernent à la fois des foyers anciens et de nouvelles flambées épidémiques, signe que la circulation de la bactérie est désormais durable.

Ce qui inquiète particulièrement les experts-es est la combinaison de deux caractéristiques : une transmission extrêmement facile et une résistance croissante aux antibiotiques. « La circulation croissante des souches de Shigella constitue une préoccupation de santé publique, car les options thérapeutiques deviennent de plus en plus limitées », souligne l’ECDC. L’agence rappelle également que « la bactérie peut se transmettre très facilement d’une personne à une autre, notamment lors de contacts sexuels ». La situation survient dans un contexte propice à l’accélération des contaminations. « Un motif particulier d’inquiétude à l’heure actuelle est l’arrivée de la saison des voyages, des Marche des Fiertés et des festivals, qui pourraient accroître le risque de transmission à travers l’Europe », prévient l’ECDC. L’agence demande aux professionnels-les de santé de penser à cette infection chez les personnes présentant des symptômes digestifs, de réaliser des tests de résistance aux antibiotiques lorsque cela est nécessaire et de signaler les cas aux autorités sanitaires. Elle appelle aussi les pays européens à renforcer la surveillance microbiologique et le séquençage génomique afin de détecter rapidement les épidémies et de suivre l’évolution des souches résistantes. 

Pour les associations de santé sexuelle et de lutte contre le VIH, cette alerte rappelle l’importance d’intégrer davantage la shigellose dans les messages de prévention destinés aux HSH. Car si la bactérie n’est pas nouvelle, sa transformation progressive en infection sexuellement transmissible, associée à l’émergence de résistances aux traitements, constitue un défi pour les systèmes de santé. L’ECDC recommande ainsi d’éviter toute activité sexuelle en cas de diarrhée ou de symptômes digestifs, de respecter des règles strictes d’hygiène et de consulter un-e professionnel-le de santé lorsque les symptômes sont sévères ou persistent.

Shigella : une infection intestinale ancienne qui s’invite désormais dans la santé sexuelle

La shigellose, parfois appelée dysenterie bacillaire, est une maladie infectieuse provoquée par des bactéries du genre Shigella. Elle est connue depuis longtemps dans les régions où l’accès à l’eau potable et aux infrastructures sanitaires est insuffisant, mais elle connaît aujourd’hui un regain d’attention dans les pays industrialisés. Sur son site, l’Institut Pasteur rappelle qu’il existe quatre grandes familles de bactéries Shigella, dont Shigella sonnei et Shigella flexneri, les deux espèces actuellement au cœur des alertes sanitaires en Europe. La particularité de cette bactérie est son incroyable pouvoir infectieux. Selon l’Institut Pasteur, une quantité infime de bactéries peut suffire à contaminer une personne. La transmission se fait par voie féco-orale, c’est-à-dire lorsque des particules microscopiques de matières fécales contenant la bactérie entrent dans l’organisme. Historiquement, cette contamination passait surtout par l’eau ou les aliments souillés. Mais depuis plusieurs années, les spécialistes observent « une augmentation des cas de shigellose par transmission sexuelle [rapports buccaux-anaux plus connus sous le nom anulingus] dans les pays industrialisés ».

Les symptômes apparaissent généralement rapidement, entre un et quatre jours après la contamination. La forme typique associe douleurs abdominales, diarrhées très fréquentes, parfois sanglantes, vomissements et forte fièvre. L’état général peut être fortement altéré. L’Institut Pasteur décrit des selles « glairo-sanglantes et purulentes, voire parfois hémorragiques ». Si la majorité des cas guérissent, certaines personnes peuvent développer des complications graves, notamment les nourrissons, les jeunes enfants ou les personnes dont le système immunitaire est affaibli (dont les personnes vivant avec un VIH non traité).

Parmi les complications figurent la déshydratation sévère, les infections généralisées du sang, les atteintes rénales ou encore, dans de rares cas, des atteintes intestinales potentiellement mortelles. À l’échelle mondiale, la maladie reste loin d’être anodine. Selon l’Institut Pasteur, la shigellose est responsable d’environ 200 000 décès chaque année, dont 65 000 chez des enfants de moins de cinq ans. En France aussi, la situation évolue : le nombre de souches analysées par le Centre national de référence est passé de 700 à 1 100 par an entre 2005 et 2017 à près de 1 600 en 2023. Les spécialistes soulignent également que S. sonnei et S. flexneri sont devenues « épidémiques au sein de la communauté homosexuelle masculine » dans plusieurs pays industrialisés.

Dépistage, diagnostic et traitement : une course contre la résistance aux antibiotiques

Face à une diarrhée sévère associée à de la fièvre, notamment après un rapport sexuel comportant des pratiques oro-anales, le diagnostic de shigellose doit être envisagé. La confirmation repose sur l’analyse d’un échantillon de selles. Les laboratoires utilisent soit une coproculture (une analyse des selles), qui permet de faire pousser la bactérie afin de l’identifier, soit des tests moléculaires de type PCR capables de détecter directement son matériel génétique. Ces examens permettent non seulement de confirmer l’infection, mais aussi de déterminer à quels antibiotiques la bactérie est sensible ou résistante. Cette étape est devenue essentielle car la résistance aux traitements progresse rapidement. Contrairement à de nombreuses gastro-entérites virales qui guérissent avec une simple réhydratation, la shigellose nécessite souvent un traitement antibiotique. Comme l’explique l’Institut Pasteur, la bactérie envahit la paroi du côlon et provoque une réaction inflammatoire qui peut entraîner des lésions importantes. Les antibiotiques permettent généralement « une guérison rapide et sans séquelles ». Mais ce scénario est de moins en moins systématique.

Les chercheurs-ses observent en effet l’émergence de souches capables de résister à plusieurs familles d’antibiotiques. Les espèces S. sonnei et S. flexneri sont désormais fréquemment résistantes aux médicaments historiquement utilisés en première intention. Cette situation oblige parfois les médecins à recourir à des traitements plus coûteux, moins accessibles ou présentant davantage d’effets indésirables. Plus préoccupant encore, les premières souches résistantes à l’ensemble des principales options thérapeutiques sont désormais détectées dans plusieurs pays. En France, ces bactéries hautement résistantes représentent environ 10 % des cas chaque année.

La prévention reste donc un levier majeur. Elle repose d’abord sur l’hygiène des mains, le nettoyage des surfaces contaminées, l’évitement des rapports sexuels pendant les épisodes diarrhéiques et une vigilance accrue lors des pratiques sexuelles impliquant un contact avec la zone anale. L’Institut Pasteur souligne également la nécessité de développer un vaccin, même si aucun vaccin n’est actuellement disponible. « Dans la communauté homosexuelle masculine, une prévention sur cette nouvelle infection sexuellement transmissible est à mettre en place », insiste l’institut.